オレは高校生探偵（こうこうせい　たんてい）、工藤新一（くどう　しんいち）。幼（おさな）なじみで同級生（どうきゅうせい）の毛利蘭（もうり　らん）と遊園地（ゆうえんち）に遊（あそ）びに行（い）って、黒（くろ）ずくめの男(おとこ）の怪（あや）しげな取（と）り引（ひ）き現場（げんば）を目撃（もくげき）した。
取（と）り引（ひ）きを見（み）るのに夢中（むちゅう）になっていたオレは、背後（はいご）から近付（ちかつ）いて来（く）る、もう一人（ひとり）の仲間（なかま）に気付（きつ）かなかった。オレはその男（おとこ）に毒薬（とくやく）を飲（の）まされ、目（め）が覚（さ）めたら体（からだ）が縮(ちぢ）んでしまっていた！！
工藤新一（くどう　しんいち）が生（い）きていると奴（やつ）らにバレたら、また命（いのち）を狙（ねら）われ、まわりの人間（にんげん）にも危害（きがい）が及（およ）ぶ。
阿笠博士（あかさ　はかせ）の助言（じょげん）で正体（しょうたい）を隠（かく）すことにしたオレは、蘭（らん）に名前（なまえ）を聞（き）かれて、とっさに江戸川（えどかわ）コナンと名（な）のり、奴（やつ）らの情報（じょうほう）をつかむために、父親（ちちおや）が探偵（たんてい）をやっている蘭（らん）の家（いえ）に転（ころ）がり込（こ）んだ。
オレは毛利のおっちゃんを名探偵に仕立てるべく、時計型麻酔銃でおっちゃんを眠らせ、蝶ネクタイ型変声機を使って、おっちゃんの声でかわりに事件を解いている。この二つのメカは、阿笠博士の発明品だ！博士は他にも…ターボエンジン付きスケードボードや、犯人追跡メガネ、キック力増強シューズなど次々とユニークなメカを作り出してくれた！
蘭もおっちゃんも、オレの正体には気付いていない。知っているのは阿笠博士と、西の高校生探偵、服部平次、それに同級生の灰原哀…。
彼女は黒ずくめの男の仲間だったが、組織から逃げ出す際、オレが飲まされたのと同じ薬を飲んで体が縮んでしまった！
黒の組織の正体は、依然として謎のまま…！
「小（ちい）さくなっても頭脳（ずのう）は同（おな）じ！迷宮（めいきゅう）なしの名探偵（めいたんてい）！真実（しんじつ）はいつもひとつ！！」